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지상 최대의 스케일, 사상 초유의 액션
 불가능한 미션이 다시 시작된다!

모스크바의 감옥에 갇혀 있던 IMF(Impossible Mission Force) 소속의 요원 ‘이단 헌트’.
감옥을 탈출한 후 IMF 소속의 또 다른 요원인 ‘제인 카터’, IT 전문가 ‘벤지 던’과 새로운 팀이 되어 핵무기를 손에 넣으려는 코드명 ‘코발트’를 찾으라는 새로운 미션이 주어진다.

‘코발트’에 대한 정보를 캐내기 위해 이단 헌트와 그의 팀원들은 러시아 크렘린 궁으로 향하지만 미션에 성공하기도 전, 크렘린 궁이 폭발하는 사건이 벌어지고 이로 인해 IMF는 폭발 사건의 주범으로 지목되어 테러 조직이라는 누명을 쓰게 된다.

이에 국가 분쟁을 염려한 정부는 IMF 조직의 과거, 정체, 모든 이력을 지워버리기 위해 ‘고스트 프로토콜’을 발동하고, 순식간에 국제 테러리스트가 되어 버린 ‘이단 헌트’는 사건의 실체를 밝히기 위한 미션 수행에 나선다.

하지만 이미 IMF의 존재가 지워진 이상, 조직의 어떤 도움이나 지원도 불가능한 상황!
이에 IMF 수석 분석가 ‘브란트’를 새로운 팀원으로 받아들인 ‘이단 헌트’는 현재 자신이 의지할 수 있는 유일한 동료인 ‘브란트’, ‘제인 카터’, ‘벤지 던’과 함께 자신과 조직의 명예를 되찾기 위한 최후의 미션에 돌입하기 시작한다!